白腹军舰鸟是热带海洋鸟类，飞翔极为迅捷和灵巧，不善陆行，也不善于游泳。取食主要在空中进行，除能追捕飞鱼外，其掠夺性取食习性甚为著名，能在高空盘旋巡视，一旦发现繁鸟及鸥类等水中啄获鱼类并衔鱼飞翔时，立即俯冲疾驰追击，猛烈啄击前者的尾部，迫使其张口，然后再借灵敏的飞翔术，将空中下落的鱼类啄食。筑巢所用的海草等物，也是用这种方法从繁鸟等口中夺取。

白腹军舰鸟白天在海面上飞翔，夜间则栖宿在岸边或岛屿上的树林之中。它的食物主要是海中的鱼和水母等软体动物，捕食时，能贴在水面上飞行，追逐漂浮在水面上或飞出水面的鱼类。虽然能够自己捕食，但它却更多地采用强抢的方法，在空中劫掠其它鸟类，特别是红脚鲣鸟所捕获的鱼类。它先是在高空中盘旋巡视，一旦发现红脚鲣鸟在水中捕到鱼类，并衔起飞翔时，立即俯冲下来进行攻击，用喙啄咬红脚鲣鸟的尾部，或用双翅猛烈扑打，迫使红脚鲣鸟在不堪忍受疼痛的情况下，不得不张口吐出已经获得的猎物，或者被攻击得惊慌失措，吓得把猎物仍掉，白腹军舰鸟则趁机在瞬间准确地把将要落水的鱼叼住，使之成为自己口中的美餐。由于长期遭到白腹军舰鸟和其他强盗鸟类的袭击，红脚鲣鸟甚至形成了遇到惊吓便将食物吐出，然后迅速逃走的条件反射，有时就形成了"天上下大鱼"的奇特现象。除了抢夺食物外，白腹军舰鸟还经常掠食其他鸟类的卵和幼雏等。